A história começa com uma espécie de caos organizado no mundo, quando pessoas começam a sair a caminhar pelas ruas com roupas estranhas e corujas não param de voar pelo céu, fatos que ganham o espaço nos jornais, na televisão e nas rádios. Porém, o que as pessoas não sabiam era que esses estranhos eram nada mais nada menos que bruxos e bruxas, festejando a queda de um grande bruxo das trevas, Lord Voldemort, e as corujas eram usadas para levar cartas de um bruxo para o outro.
Enquanto isso, a família Dursley é perseguida por um gato, que, na verdade, é Minerva McGonagall, professora da Escola de Magia e Bruxaria de Hogwarts, que os observava transformada em gato, para saber se Harry Potter, um bebê de apenas um ano que seria deixado na porta daquela casa naquela noite, viveria bem.
Harry Potter era filho da irmã da Sra. Dursley, que morreu aquela noite, como o seu marido, por isso que a criança seria deixada com os Dursley, os seus tios, pois eram simplesmente os únicos parentes vivos de Harry.
Passaram dez anos e Harry cresce sendo tratado como lixo naquela casa, embora ele nunca soubesse o porquê. Porém, poucos dias antes de seu aniversário de onze anos, Harry recebe a sua primeira carta de Hogwarts, que ele nem chega a ler, pois é queimada pelo seu tio, que, mais tarde, tranca a passagem do correio. Mas a carta começa a multiplicar-se, aparecendo das maneiras mais estranhas e os seus tios tornam a queimá-las. Até que, num Domingo, milhares e milhares de cartas aparecem disparadas pela lareira, fazendo a casa tornar-se num caos. Ainda sem desistir, os seus tios, o seu primo, e ele mudam-se para uma casa de pedra, num rochedo, bem longe da civilização, onde, não havia como ser-lhes entregue cartas. Mas na noite de aniversário de Harry, ele é visitado por Rúbeo Hagrid, guardião das chaves e das terras de Hogwarts, que conta toda a verdade: Que Harry era um feiticeiro, assim como seus pais, que haviam sido assassinados por Voldemort, e não morrido num acidente de carro, como os Dursley haviam dito, e que a cicatriz que Harry tinha na testa não era do acidente de carro, mas sim de uma tentativa de assassinato, que havia destruído Voldemort e, por essa razão, Harry Potter era famoso no mundo dos bruxos.
Harry, então, parte para seu primeiro ano na Escola de Magia e Bruxaria de Hogwarts, onde conhece Ronald Weasley e Hermione Granger, que se tornariam os seus melhores amigos e a estudar e a jogar na equipe de Quadribol na equipe Grifinória. (É o mais novo apanhador do século). Após um tempo na escola, o trio perde-se nas escadas da escola, e acaba no terceiro andar da escola, que era proibido, onde há um gigante cão de três cabeças, que mais tarde eles descobririam estar guardando a Pedra Filosofal, uma pedra poderosa feita por Nicolal Flamel que produz um elixir da vida, que torna quem o bebe imortal.
Após ocasiões estranhas (como na noite de Halloween, onde um Trasgo Montanhês Adulto é solto na escola, enquanto o Prof. Severus Snape, fica estranhamente ausente no banquete da escola), os três passam a suspeitar de que Professor de Poções está a tentar roubar a pedra. Por isso, numa noite próxima ao fim do ano, eles decidem impedir que Snape roube a pedra, voltando ao terceiro andar e passando por perigos feitos para guardar a pedra, como: O cão de três cabeças, que fica em cima de um alçapão, que leva a uma planta mortífera, o visgo do diabo (Devil Snare); voar numa vassoura para pegar numa (era centenas) chave para abrir uma porta, que leva a um jogo de Xadrez bruxo; e, por último, um desafio sobre qual poção deveriam tomar, para prosseguir.
Ron fica inconsciente no jogo de Xadrez de bruxo, e Hermione fica para ir buscar ajuda, ajudando Harry a passar pelo último desafio antes, que prossegue, chegando ao local aonde estaria a Pedra Filosofal. Mas, descobre que quem estava a tentar roubar a pedra, não era Snape, mas o Professor de Defesa Contra as Artes das Trevas, Quirrell, que carregava a única coisa que sobrou de Voldemort debaixo de um turbante. Voldemort, tenta destruir o Harry novamente, mas, fracassa mais uma vez, fazendo com que Quirrell morresse, e o feiticeiro das trevas vai ter que se esconder novamente.
Harry,Rony e Hermione voltam a salvo para a escola, e a Pedra Filosofal, é destruída por Alvo Dumbledore, diretor de Hogwarts, e Nicolau Flamel.