No verão de 1997, confirmado anteriormente por Dumbledore, o encantamento de proteção que a morte de Lílian Potter proporcionou ao seu filho, iria ser quebrado assim que Harry completasse 17 anos (maioridade no mundo dos Bruxos).
Para que Harry viajasse em segurança até a "A Toca" (casa dos Weasley) - que se encontrava protegida por encantamentos protetores complexos lançados pelo Ministério da Magia - Potter é escoltado pela Ordem da Fênix.
Porém mais alguém sabia da fuga. Snape informara Lorde Voldemort da viagem.
Ora, tanto Harry como a Ordem da Fênix foram perseguidos pelos Comensais da Morte e por Voldemort. Ocorre uma autêntica batalha no ar que levou à morte, a coruja de Harry, Edwiges e do Auror, Olho-Tonto Moody.
Entretanto na A Toca vive-se um período bastante atarefado com os preparativos para o casamento de Gui Weasley e de Fleur Delacour.
Harry encontra de novo Rony, Hermione e Gina.
Ainda antes do casamento, é preparada para Harry uma festa de aniversário pela Sra. Weasley. Durante o jantar de aniversário, surge a notícia de que o Ministro da Magia, Rufus Scrimgeour viria na "A Toca".
O Ministro visita-os para lhes revelar o testamento de Dumbledore(morto às mãos de Severus Snape), sendo este testamento apenas destinado/lido a Harry, Rony e Hermione. Dumbledore havia deixado um objeto a cada um deles: para Rony Weasley, o seu antigo Apagador, que absorvia toda a luz presente num espaço, inventado pelo próprio Dumbledore; para Hermione Granger deixara um livro de histórias infantis de "Os Contos de Beedle, o Bardo"; para Harry Potter, o pomo de ouro que tinha sido capturado no seu primeiro Jogo de Quadribol em Hogwarts com a gravação de uma mensagem e ainda a espada forjada por duendes de Godric Gryffindor, fundador da casa Grifinória.
Decorria na perfeição o casamento de Gui e Fleur quando o Patrono de Kingsley Shacklebolt aparece dando a mensagem: "O Ministério caiu. Scrimgeour está morto. Eles estão chegado."
Harry, Rony e Hermione escapam para Londres, onde se vêem obrigados a enfrentar dois Comensais da Morte, indo em seguida refugiar-se na casa dos Black (que, por testamento de Sirius, pertence a Harry). Chegando lá, descobrem que o irmão de Sirius, Regulo Black, é na verdade o "R.A.B." que havia roubado o Medalhão de Slytherin, uma das seis Horcruxes de Voldemort, dando-o a Monstro, seu elfo doméstico, para que o destruísse. Já bastante contente com a presença dos três na Casa dos Black, monstro revela que não conseguiu destruir a jóia, e esta acabou por ser roubada por Mundungo Fletcher. Acabam por descobrir Mundungo, que lhes revela que deu o medalhão (por chantagem) a uma alta oficial do Ministério - Dolores Umbridge. Após essa revelação eles invadem o Ministério, apanham o medalhão e são seguidos por um Comensal da Morte durante a fuga, não sendo possível retornar a casa dos Black, tendo que optar por viver em tendas, mudando-se constantemente de lugar para que não fossem capturados.
Depois de alguns meses, o trio escuta uma conversa que revela que o Ministério guardava a espada de Gryffindor no cofre de Bellatrix Lestrange no banco de Gringotes. Entretanto, o Ministério não sabe que a espada é falsa; o paradeiro da verdadeira é desconhecido. Quando Harry descobre que Dumbledore eliminou um Horcrux com a espada real, por esta estar embebida em veneno de basilisco, os três decidem buscá-la para destruir as outras Horcruxes. Rony aborrece-se porque Harry não tem um verdadeiro plano para encontrar as outras horcruxes e, abandona-os indo para casa do seu irmão Gui.
Harry e Hermione vão à aldeia de Godric's Hollow, acreditando que Dumbledoreesconderia a espada ali junto da antiga historiadora da magia Batilda Bagshot.
Depois de visitarem o túmulo dos pais de Harry e da mãe e irmã de Dumbledore e indo visitar a antiga casa de Harry, encontram Batilda Bagshot. Contudo ao seguirem Batilda à sua casa, caem numa emboscada montada por Voldemort e a sua serpente Nagini que se revela no corpo da mulher.
Durante a sua fuga, Hermione quebra acidentalmente a varinha de Harry. Após isso, uma noite um Patrono com forma de corça aparece próximo do campo e conduz Harry até a verdadeira espada de Godric Gryffindor que estava dentro de um poço congelado.
Assim que Harry tenta retirá-la do poço congelado, o medalhão aperta o seu pescoço, quase o estrangulando - com Harry sendo salvo pela intervenção de Rony.
Cansado, Harry pede a Rony que destrua a Horcrux, que apesar de tentar confundir Rony com ilusões é apunhalada, a horcrux, pela espada. Rony alerta aos outros que o nome de Voldemort é proibido agora: qualquer um que o proferir terá a sua localização revelada.
Eles vão até a casa de Xenofílio Lovegood para saber mais sobre o símbolo de Grindelwald.
Ele explica que o símbolo na verdade é uma marca que identifica aqueles que procuram as "Relíquias da Morte", três objetos lendários que controlavam a morte: a "Varinha das Varinhas", a Pedra da Ressurreição e a capa da Invisibilidade.
Harry está convencido de que o sua capa da Invisibilidade é uma das Relíquias.
Xenofílio denuncia-os ao Ministério, na esperança de que devolvam a sua filha sequestrada pelos Comensais da Morte, Luna Lovegood, mas no entanto eles escapam.
Algum tempo depois, os Comensais capturam os três depois que Harry menciona, acidentalmente, o nome de Voldemort, o qual ativa um feitiço rastreador.
Para que Harry não seja descoberto, Hermione tenta desfigurar a cara de Harry com um feitiço, porém este mostra-se inútil. Eles são feitos prisioneiros na Mansão dos Malfoy, o novo quartel-general dos Comensais. Ao encontrar a espada entre os pertences do grupo, Belatrix Lestrange teme que eles tenham entrado no seu cofre em Gringots. Enquanto Hermione é torturada por Bellatrix, Dobbychega, sendo ordenado por Harry a libertar os prisioneiros, porém Pedro Pettigrew descobre-os.
Como Harry salvara a vida de Pettigrew (em Harry Potter e o Prisioneiro de Azkaban), este retribui a dívida recusando-se a atacar Harry, mas a mão mágica de Pedro o estrangula pela traição a Voldemort. Na fuga, Harry captura as varinhas de Draco Malfoy e Bellatrix, e essa mata Dobby com uma faca de prata.
Após passarem vários dias na casa de Gui e Fleur e retirarem informações valiosas sobre a Varinha das Varinhas com Olivaras, o trio invade Gringotes, com a ajuda do duende Griphook.
Com muita dificuldade eles pegam um Horcrux guardada lá (a Taça de Hufflepuff) e escapam montando o dragão que guardava o cofre de Belatrix, mas perdem a espada, que era paga pelos serviços de Griphook.
Após isso, Voldemort dá-se de conta que os Horcruxes estão sendo destruídos, e a conexão mental entre Harry e Lorde Voldemort revela que um deles está escondido em Hogwarts, e que Voldemort vai ao castelo para pegar a Varinha das Varinhas do túmulo de Dumbledore.
O trio decide seguir para a escola, e chegando em Hogsmeade, são descobertos por Aberforth Dumbledore, que os abriga no seu bar e, este revela-lhes uma passagem secreta para o castelo. Lá dentro, a Armada de Dumbledore recebe-os na Sala Precisa - e a revelação de que Harry está no castelo faz os Comensais prepararem um ataque. A Armada de Dumbledore prepara-se para a luta, e a Ordem da Fénixtambém chega para o combate.
Segue-se uma batalha, na qual Fred Weasley, Remo Lupin, Colin Creevey, Ninfadora Tonks e mais alguns não nomeados morrem.
No meio-tempo, Rony e Hermione pegam nos dentes do basilisco da Câmara Secreta para destruir a taça, e após Harry descobrir com Luna que odiadema (jóia) de Ravenclaw pode ser um Horcrux, ele lembra-se de ter visto a jóia ao esconder um livro de poções. Harry conduz os seus amigos à Sala Precisa, onde acham o diadema, mas são descobertos por Draco, Vincente Crabbe e Gregorio Goyle. Os seis lutam, e Crabbe perde o controle de um Fogo Maldito e incendeia tão fortemente que o mata e destrói o diadema.
Vendo a mente de Voldemort, Harry descobre que o inimigo está na Casa dos Gritos. Quando Harry, Hermione e Rony chegam lá, vêem Voldemort matar Severus Snape.
Harry pega as lembranças de Snape e coloca na Penseira. As descobertas incluem que o bruxo, na realidade, nunca traiu Dumbledore: era um espião dele; que Snape foi apaixonado por Lílian desde criança, e ao saber que seria morta, pediu a Voldemort que a poupasse, e ao não ser atendido, jurou a Dumbledore ajudá-lo a proteger Harry durante toda a sua vida; que a morte do diretor foi combinada com Snape, pois ele descobrira que teria pouco tempo de vida de qualquer forma após destruir uma Horcrux; e que a tentativa falhada de matar Harry acabou por fazer um fragmento da alma do Lorde das Trevas se alojar no corpo do menino.
Tendo descoberto que ele próprio é uma Horcrux, Harry decide ser morto. Porém, antes de se entregar a Voldemort, descobre que o pomo de ouro guardava a Pedra da Ressureição. Harry apresenta-se diante Voldemort e é morto pelo mesmo. Harry fica entre a vida e a morte e vêDumbledore, ao dialogar com ele, descobre que não só a horcrux no seu corpo fora destruída, mas que Voldemort não pode matá-lo por ter usado o sangue de Harry para reconstruir o seu corpo.
Após ressuscitar, Harry volta ao castelo fingindo-se de morto. Próximo da porta do castelo, vê Neville Longbottom, destruir a última Horcruxao decapitar Nagini. Bellatrix Lestrange tenta matar Ginna e é morta por Molly Weasley. Harry revela-se a Voldemort, sabendo que é o legítimo dono da Varinha das Varinhas - Draco Malfoy seria o proprietário após desarmar Dumbledore, e Harry ganha o direito após roubar a varinha de Malfoy na mansão - e assim esta não funcionaria nele.
Voldemort conjura Avada Kedavra, mas a Varinha recusa-se a matar o seu mestre e o feitiço rebate em Voldemort, que cai morto.
Harry usa a Varinha para consertar a sua própria, e devolve-a ao túmulo de Dumbledore.
Segue-se um epílogo de 19 anos depois no ano de 2016, em que Harry casou-se com Gina e teve três filhos: Tiago Sirius, Lílian Luna e Alvo Severo (na versão original James Sirius, Lily Luna e Albus Severus, respectivamente) sendo que Alvo Severo é em homenagem aos dois homens de quem nunca se esquecerá, Snape e Dumbledore.
Já Rony casa-se com Hermione e tem dois filhos, Hugo e Rosa. O afilhado de Harry, Teddy Lupin, namorado de Victoire, filha de Gui e Fleur, visita a família constantemente, e Neville tornou-se professor de Herbologia em Hogwarts.
No capítulo final, Harry leva os filhos a King's Cross, onde encontram Draco Malfoy e o seu filho Escórpio, e o pequeno Alvo irá apanhar o Expresso de Hogwarts pela primeira vez.
O livro finaliza com a frase "a cicatriz não incomodara Harry nos últimos 19 anos. Tudo estava bem".